九十九岛沿岸地区有许多国内首屈一指的风景名胜。九十九岛与九州本岛的天然海岸也是重要的生态系，这个生态系维持着包括许多珍稀濒危物种在内的种类繁多的植物及野生生物。九十九岛的沙滩与舄湖栖息着被称为“活化石”的中国鲎（Tachypleus tridentatus）等生物。中国鲎在亚洲许多地区都急剧减少，但九十九岛的海岸线上有许多中国鲎前来产卵。

在多泥的地区，或许能看到用肺呼吸的石磺（Onchidium hongkongensis），石磺和鳞杓拿蛤（Anomalocardia squamosai）这种小型白色双壳贝一样，在日本主要四岛濒临灭绝。清白招潮蟹（Uca lactea）与小型泥蟹（Ilyoplax pusilla）等珍稀甲壳类也在海岸线上自由爬行。 九十九岛是筛草（Carex kobomugi）及矮生薹草(Carex pumila)等生长在砂质土壤并能固定沙丘的珍稀濒危植物的重要生长环境。

除列举的动植物以外，天然海岸线上栖息生长着数百种鱼、鸟、哺乳动物、软体动物、花、植物。因为这些生物的存在，九十九岛的海岸线有许多让热爱自然的人们心动的景点。

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１，九十九岛的海滩大部分是天然的，没有人工打造的。

２，天然海岸线是养育众多动植物物种的重要生态系。

３，天然海滩上到处长着在盐沼湿地扎根的滨松草（Suaeda maritima）及滨匙（Limonium tetragonum）等植物。

４，填海造地、修筑防护堤威胁着日本各地的盐沼湿地。

５，九十九岛地区有沙滩、岩礁、滩涂等变化多样的天然海滩。

难以从海平面上将这些小岛一览无余。若想掌握九十九岛的全景，推荐前往佐世保的任一展望台。从位于高处的展望台能眺望散布在远处的数百个小岛。有郁郁葱葱的大岛，也有像绿色的点或岩石的小岛，岛屿的大小形态各异。晴天则可在展望台西边看到西海国立公园的一部分，即另一个岛屿群五岛列岛。

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６，岛屿的数量在一年当中潮位最高的时期计算。

７，满潮时，海面上有陆地且有植物的岛计为1个岛。

８，植物的存在说明该岛在满潮时也不会被淹没。

这里至今仍采用传统捕鱼方式，许多渔夫沿用着网捕、勾钓、道具捉等传统方式。水产养殖也很兴盛，特别是养殖当地的海味牡蛎。

经常能看到照料这种软体动物的牡蛎养殖业者的船只，他们或清洗着稚贝的外壳，或捕捞上一长串成熟后的牡蛎。当然，牡蛎能培育珍珠，因此珍珠养殖也是当地的产业。从20世纪初期起，为了人工生产出浑圆的彩色珍珠，养殖业者往合浦珠母贝（Pinctada fucata）里人工植入珠核养殖。

对从渔夫的角度看九十九岛感兴趣者，欢迎参加畅游岛屿的游览船旅行团。酷似欧洲横帆帆船的游览船每天几次从游客中心附近的码头出航。

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９，游览船从正在收网的牡蛎养殖业者身后航行过。

10，整个九十九岛都设置了定置网捕捞在这个海域畅游的鱼。

11，拉网捕捞例：能在九十九岛近海捕捞到渔获量大的竹夹鱼及沙丁鱼。

12，当地人几个世纪以来都把在当地捕获的鱼作为饮食生活的中心。

13，传统捕鱿鱼的方式“鱿鱼柴”：渔夫用看上去像海藻场的树枝把产卵的鱿鱼引进渔网里。

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14，佐佐川以北的岛屿

15，南部的岛屿

16，佐佐川

17，九十九岛北部的岛屿

18，九十九岛南部的岛屿

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19，发现常春油麻藤
在对钟表（TOKOI）岛进行的植物调查中发现了在天然森林环境下开花的这种珍稀显花植物。

20，鹿子百合（Lilium speciosum）开花调查
对日语称为“鹿子百合”的百合科植物做定期调查。

21，调查海洋性水黾
研究人员对九十九岛海里的两种濒危水黾：盐海水黾（Halovelia septentrionalis Esaki）及海水黾（Halobates japonicus）进行调查。这种昆虫是游客中心的吉祥物，服务台摆设着海水黾的大玩偶。

22，水质检查
为了观测海水的水温、透明度及其他变化，每个月进行两次水质检查。

23，彼氏冰鰕虎魚（Ice Goby）产卵调查
彼氏冰鰕虎鱼（ice goby、Leucopsarion petersii）是重要的当季鱼。会在九十九岛流淌着的几处小河里产卵。

24，海洋植被调查
专家与志愿者联合调查九十九岛多样性海洋植被的分布情况。