九十九島沿岸地區有許多國內首屈一指的風景名勝。九十九島與九州本島的天然海岸也是重要的生態系，這個生態系維持著包括許多珍稀瀕危物種在內的種類繁多的植物及野生生物。

九十九島的沙灘
舄湖棲息著被稱為「活化石
的中國鱟（Tachypleus tridentatus）等生物。中國鱟在亞洲許多地區都急劇減少，但九十九島的海岸線上有許多中國鱟前來產卵。

在多泥的地區，或許能看到用肺呼吸的石磺（Onchidium hongkongensis），石磺和歪簾蛤（Anomalocardia squamosai）這種小型白色雙殼貝一樣，在日本主要四島瀕臨滅絕。清白招潮蟹（Uca lactea） 小型泥蟹（Ilyoplax pusilla）等珍稀甲殼類也在海岸線上自由爬行。
九十九島是篩草（Carex kobomugi）及矮生薹草(Carex pumila)等生長在砂質土壤並能固定沙丘的珍稀瀕危植物的重要生長環境。

除列舉的動植物以外，天然海岸線上棲息生長著數百種魚、鳥、哺乳動物、軟體動物、花、植物。因為這些生物的存在，九十九島的海岸線有許多讓熱愛自然的人們心動的景點。

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１，九十九島的海灘大部分是天然的，沒有人工打造的。

２，天然海岸線是養育眾多動植物物種的重要生態系。

３，天然海滩上到处长着在鹽沼濕地紮根的濱松草（Suaeda maritima）及濱匙（Limonium tetragonum）等植物。

４，填海造地、修築防護堤威脅著日本各地的鹽沼濕地。

５，九十九島地區有沙灘、岩礁、灘塗等變化多樣的天然海灘。

難以從海平面上將這些小島一覽無餘。若想掌握九十九島的全景，推薦前往佐世保的任一展望臺。從位於高處的展望臺能眺望散佈在遠處的數百個小島。有鬱鬱蔥蔥的大島，也有像綠色的點或岩石的小島，島嶼的大小形態各異。晴天則可在展望臺西邊看到西海國立公園的一部分，即另一個島嶼群五島列島。

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６，島嶼的數量在一年當中潮位最高的時期計算。

７，滿潮時，海面上有陸地且有植物的島計為1個島。

８，植物的存在說明該島在滿潮時也不會被淹沒。

這裏至今仍採用傳統捕魚方式，許多漁夫沿用著網捕、勾釣、道具捉等傳統方式。水產養殖也很興盛，特別是養殖當地的海味牡蠣。

經常能看到照料這種軟體動物的牡蠣養殖業者的船隻，他們或清洗著稚貝的外殼，或捕撈上一長串成熟後的牡蠣。當然，牡蠣能培育珍珠，因此珍珠養殖也是當地的產業。從20世紀初期起，為了人工生產出渾圓的彩色珍珠，養殖業者往合浦珠母貝（Pinctada fucata）裏人工植入珠核養殖。

對從漁夫的角度看九十九島感興趣者，歡迎參加暢遊島嶼的遊覽船旅行團。酷似歐洲橫帆帆船的遊覽船每天幾次從遊客中心附近的碼頭出航。

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９，遊覽船從正在收網的牡蠣養殖業者身後航行過。

10，整個九十九島都設置了定置網捕撈在這個海域暢遊的魚。

11，拉網捕撈例：能在九十九島近海捕撈到漁獲量大的竹莢魚及沙丁魚。

12，當地人幾個世紀以來都把在當地捕獲的魚作為飲食生活的中心。

13，傳統捕魷魚的方式「魷魚柴
：漁夫用看上去像海藻場的樹枝把產卵的魷魚引進漁網裏。

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14，佐佐川以北的島嶼

15，南部的島嶼

16，佐佐川

17，九十九島北部的島嶼

18，九十九島南部的島嶼

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19，發現常春油麻藤
在對鐘錶（TOKOI）島進行的植物調查中發現了在天然森林環境下開花的這種珍稀顯花植物。

20，鹿子百合（Lilium speciosum）開花調查
對日語稱為「鹿子百合 的百合科植物做定期調查。

21，調查海洋性水黽
研究人員對九十九島海裏的兩種瀕危水黽：鹽海水黽（Halovelia septentrionalis Esaki）及海水黽（Halobates japonicus）進行調查。這種昆蟲是遊客中心的吉祥物，服務台擺設著海水黽的大玩偶。

22，水質檢查
為了觀測海水的水溫、透明度及其他變化，每個月進行兩次水質檢查。

23，彼氏冰鰕虎魚（Ice Goby）產卵調查
彼氏冰鰕虎魚（ice goby、Leucopsarion petersii）是重要的當季魚。會在九十九島流淌著的幾處小河裏產卵。

24，海洋植被調查
專家與志工聯合調查九十九島多樣性海洋植被的分佈情況。